研究所成立于1997年，是深圳證券交易所設立的高層次證券研究專門機構，設有國內證券業成立最早、規模最大的博士后工作站和國內第一份證券類專業理論期刊《證券市場導報》。

研究所長期致力于研究中國資本市場建設和深交所發展過程中基礎性、前瞻性和戰略性的重大課題，注重實證研究、實地調研和案例分析，依托交易所在數據、渠道等方面的獨特資源和平臺優勢，經過長期積累、跟蹤研究，逐步形成一批研究細分領域中的專長和品牌性研究成果，在業界具有廣泛影響。

研究所研究領域覆蓋交易所戰略規劃、發行上市制度、投資者行為、交易制度創新、上市公司監管、私募和國際市場、法制監管等。研究成果廣泛應用于證券市場，成為證監會、深交所制定政策和決策、進行制度和產品創新、加強公司和市場監管的重要參考依據。從中小板、創業板設立、股權分置改革，到場外市場發展、深港通啟動、創業板注冊制改革，資本市場的每一次重大改革發展，深交所研究所均有重要研究報告作為決策支持。

深交所研究所累計承擔十余項國家自然科學基金課題、近百項中國博士后科學基金課題，研究成果在《經濟研究》《金融研究》《管理世界》、Journal of Financial Economics、Journal of Econometrics等境內外一流期刊發表。2001年起，深交所研究所先后四次獲得中央金融工委授予的“青年文明號”稱號。

深圳證券交易所博士后工作站成立于1999年，截至2022年10月，已累計招收了22批共210名博士后。出站博士后大多成為業界高管、部門負責人和高校學術帶頭人。工作站已成為引進、培養并向證券業輸送高層次人才的重要通道，2010年、2015年兩度被國家人力資源社會保障部和全國博士后管理委員會評為全國優秀博士后科研工作站。

《證券市場導報》辦刊始終站在證券金融理論和實踐的前沿，逐步發展成為國內證券研究領域的前沿期刊、以及傳播先進證券文化、連接學界與業界的學術交流平臺。導報多次榮獲廣東省優秀社會科學期刊獎，2001年被國家新聞出版署選入中國期刊方陣“雙效”期刊陣列。連續入選北大《中文核心期刊要目總覽》、中國人文社會科學期刊AMI綜合評價（A刊）核心期刊、中文社會科學引文索引（CSSCI）經濟學來源期刊等國內重要核心期刊或來源期刊目錄。